Hastalığın nadir bir komplikasyonu kas krampları, osteoporoz, ekstremitelerde şişkinlikler ve asitli akut ve bariz yetersiz beslenme. Hastalık sinir sistemini, beyincikte kalsifikasyonu nedeniyle serebral ataksi ile uzuvlarda uyuşmaya yol açan bilinmeyen bir şekilde etkileyebilir ve doktorların buğday intoleransı olan hastalarda alerjik ve otoimmün hastalıklardan daha fazla fark ettiği ilgili hastalıklar tiroid bezi ve tip I diyabet ve Schugren hastalığını etkileyen Hashimoto hastalığı ve ilişkili hastalıkların yanı sıra da İnflamatuar bağırsak hastalığı, kronik karaciğer hastalığı, epilepsi ve primer biliyer sirozu içerir.
Antibiyotik eksikliği de buğday alerjisi olan kişilerde daha yaygındır ve glutensiz gıdalara bağlı olan hastalarda bile osteoporozun uzun süreli komplikasyonları ortaya çıkar.